水利部科技推廣中心成立于1993年12月，其前身是水電部科學技術委員會條件處，是經中編辦批準的水利部綜合事業局所屬具有法人地位的差額補貼事業單位。

2000年經水利部批準，隸屬于水利部綜合事業局。

受水利部國際合作與科技司委托，中心承辦國家級和部級水利科技計劃項目的管理工作；負責水利行業重大科技成果管理；組織科技推廣與科技成果鑒定、登記及獎勵工作；負責水利水電重大裝備和技術的研制開發與引進工作；承辦水利行業知識產權、科技保密、技術市場等管理工作；科技中介服務等。2004年經水利部國際合作與科技司批準（國科科[2004]14號），取得了從事水利科技項目招標投標與水利科技評估工作的資格。

中心現有員工25人，其中具有高級職稱以上的人員17人，中級職稱5人，初級職稱3人。包含水文、水資源、環境科學、機械、生態等學科專業。中心內設綜合處、項目一處、項目二處、推廣與產業處。